序幕
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随着机械音的提示，链尉官（玩家扮演角色）睁开了双眼，驾驶舱的操作仪器表闪着光，身旁是银发少女艾丽西亚，少女正在复述本次执行的任务。已知任务信息为：1.任务由黎苏根分局直接申请，总部直接指派；2.内容是调查黎苏根近期观测到的一系列包括通讯失灵、异变体目击等异常事件；3.目前相关负责人——黎苏根分局长伊西丝·恩达里克正在黎苏根等待对接，届时会将具体情况传达。
了解任务后，飞行器突然开始了剧烈摇晃。情况危急，链尉官与艾丽西亚开始尝试迫降，降落位置距离黎苏根约有十五到二十公里，周围的高浓度虚粒子会对链尉官的身体产生危害，这片荒地不宜久留，但是在打算找路离开荒地时，有异变体冲了出来。链尉官果断选择与艾丽西亚进行链接，开启了到达目标点前的第一场战斗。
星穹之下
01-坠落
战斗结束后，异变体被虚粒子所感染的那部分彻底湮灭，而属于生物的那部分仍然留存，似是会与普通生物体一般等待着慢慢腐烂在这片大地。短暂的沉默后，两人尝试向黎苏根分局发出通讯。仿佛是对应着自己任务中需要调查的那部分“通讯失灵事件”，通讯器也只传来电流的干扰声。在链尉官放弃通讯器联络，打算返回驾驶舱进行坐标标记时，两人分别被异变体袭击，在这时，熟悉的声音从通讯器中响起，伴随着激发高速弹头时的枪声——莱斯坦斯安全局驻黎苏根分局所属AIMBS战员露比斯与其链尉官茱莉亚前来接应。
02-接应
解决了荒野威胁后，几人开始了身份交流。茱莉亚是链尉官当年在校时的学姐，同时也是链尉官在莱斯坦斯的前辈；来自总部的艾丽西亚未曾见过茱莉亚，茱莉亚却称呼艾丽西亚为“哈珀的女儿”。短暂的寒暄后，四人开始讨论起飞行器出问题的原因，线索无法搜寻，但是阴谋的味道萦绕四周。四人查询无果，选择优先继续完成任务，一起乘着越野车抵达了黎苏根。在去往黎苏根的路上，链尉官也对这座城市有了一定的了解。黎苏根是修格尔战争后，由约瑟伯格开发的海外飞地，发达的经济和开放的运输模式吸引了各国的人来此发展。多种势力在此城盘踞，各类人群在这里谋生，没有什么明面上的冲突出现，但有一些隐藏的势力与争斗掀动着平静表面之下的暗潮汹涌。
03-岔路
在去往分局长伊西丝所在地的途中，茱莉亚先带着几人去了暗巷中的圆梦人商业咨询事务所，向一位名为“言”的拥有着东方气质的少女收取自己定好的“货”。这座事务所原是此处最大的情报商所开，在第一准则制约下，AIMBS战员们的任务行动开展不便，不得不寻求一些民间势力的帮助。所谓保护人类的存在，不如说是不为人知且令上方所知人忌惮的存在，AIMBS大多数战员都明白这一点，唯独总部来的艾丽西亚对此感到不解。不过这时言带着存储器从楼中出来，几人的谈论中断。言在“交货”时也带来了事务所老板的忠告——黎苏根的和平脆弱且来之不易，请一定谨慎行事。
04-任务执行
链尉官与艾丽西亚抵达黎苏根分局后，分局长伊西丝安排战员可拉兹作为向导带两人熟悉情况和任务。可拉兹带着两人来到了本阶段任务的调查点——启幕集团大楼前。据说启幕集团的老板尤尔斯在与一些“奇怪的人”做交易，形迹可疑。本次派总部两人来执行任务也是因为外乡人会更容易打入内部探取情报。链尉官在以游客身份混入启幕集团，获得启幕集团主任墨菲给的进入52层观景台的许可后，却在进入大楼后被几名工人绑架控制住了。这情况正如链尉官所料。因此在被送达内部关押时，几人同时发难，解决了工人，通过他们对讲机听到了里面的报位，这些人是混进集团内部欲行不轨。审出方才打败的“工人”其组织行动目的是要炸毁大楼后，链尉官等人便开始了下一步行动。艾丽西亚此时对刚刚的审问过程有一点抵触，但是任务紧急，她暂时闭口不言。
05-突破点
在启幕大楼内部走动，可以看到大楼里商铺以及各类民生设施应有尽有，这栋大楼仿佛可以当作一个小城市来供人生活，这里是黎苏根居民们梦想居住的地方，但是要价也昂贵得可怕。几人感叹之余，飞速选择了行进目标，考虑到敌人不会选择电梯撤退，便打算从刚才从敌方通讯器听到的消防通道进行突破。出乎意料的是，消防通道里空无一人。如果是因为人手不足而没有指派人手据守这里，那么这个组织的目的并不一定是要炸毁大楼，而是其他。股东大会正在进行中，几人便再次定下了下一个目标点——74楼的会议厅。
06-救星
放倒看守会议室的嫌疑人等，几名战员冲入会议室，得到了被困住的董事会成员的感谢，同时也得知了这些侵入大楼的人都是那位名叫“墨菲”的主任带来的，他们自称星解联成员。墨菲刚坐电梯离开，似乎是要去和启幕老总尤尔斯的秘书九连谈判。那座电梯只能通向顶层办公室或地下空间，普通职员无法启动电梯。在确定了要找的人会在地下后，艾丽西亚选择了与可拉兹一同掰开电梯门，带着链尉官直接跃下电梯井。之前链尉官对敌人的暴力审问，似乎已经不再让艾丽西亚耿耿于怀，甚至让她多了一些奇怪的应对事件方式......
07-地下工厂
启幕集团大楼的地下区域充斥着超出极限安全值四个级别的高浓度虚粒子，链尉官注射污染中和酊后才从电梯口走出。这里有着一座秘密工厂，生产线上组装的赫然是爆炸物——非人道武器之一的虚粒子炸弹。
此时的通讯器干扰更严重，无法向伊西丝送出消息，几人选择继续下行。在工厂的深处，虚粒子的浓度变得更高，有两个大型装置正在分别运作，一个诡异而奇怪的“产物”正悬浮在装置旁。它看上去像是一扇突兀出现在空间中的“门”，其背后没有空间，但是正面能看到门内的黑色浓稠物质翻涌。
异变体就在此时陡然出现，它嘀嘀咕咕着，好像提到了启幕集团老总尤尔斯，又说自己是主任墨菲，最终在极度的混乱中冲向几人。突如其来的战斗开启。
08-天灾来临
随着异变体最后断断续续的一句“锚......点......”它的尸体彻底化为飞灰。几人着手查看那两个大型装置，此时蜂鸣声顿起，艾丽西亚和可拉兹同时受到了精神冲击。前所未有的恐惧直击心头，链尉官看到了前方那扇黑潮翻涌的门中钻出了一个奇怪的生物，他也终于将这一系列事物串了起来，那扇门就是传闻中的天灾——锚点，而那个生物，是修格尔。
一番激战后，几人险胜。在场的几人都知道，这并不是结束，而是开始，如果不进入锚点内将之关闭，这片区域都会变成虚蚀域——绝对的污染源区，附近的人类将会全部变异。链尉官进入了锚点空间，入目只有黑红两色，虚粒子浓度强到实体化，让人无法迈步。他链接了战员，呼出[莫比乌斯环]的锚点关闭程式。
在莫比乌斯环的扫描光所过处，虚粒子由躁动转稳定，之后空间开始了收缩。作为代价，链尉官体内的中和酊也在急速消耗，意识仿佛正逐渐被从身体剥离——这是在赌上自己的生命，在这不为人知的地方，为这个城市换来此时的和平。
09-坠落
万幸的是，在链尉官彻底失去意识前，锚点空间被彻底关闭。大楼崩塌，巨大的爆炸令他急速坠落。一片黑暗中，茱莉亚的声音传来，呼唤着他。是地面上方的城市灯光，还是那传说中的阳光，好像透过无数建筑残片洒落。上方的茱莉亚好像逆着光，面容却无比清晰，她死死抓着链尉官的手，将他拉上地面。
回到地上时，依然是黑夜，方才的光幕，可能只是自己的幻觉。在几位同行战员的担忧目光中，链尉官接受了中和酊注射。通讯器终于有了信号，茱莉亚收到的第一个指令就是带可拉兹撤退，留下链尉官和艾丽西亚在这里等待黎苏根相关人员。茱莉亚在链尉官的劝说中咬牙离开，留下了一部老式通讯器。
10-新的阴谋
启幕大楼处又只剩下链尉官与艾丽西亚两人。距离他们不过百米的楼顶，一双眼睛正注视着这里的一切。一名紫发女子的身影一闪而过。
与此同时的酒馆内，之前被董事会成员提到的总裁助理九连，正与一位名叫迪恩的人交谈。这次的启幕大楼事件只是九连的第一阶段任务，而他也为迪恩带来了一名女子的消息，递过去的照片上，正是之前楼上的紫色长发女子。
乐园惊魂
01-支援
链尉官与艾丽西亚被黎苏根来的人从启幕大楼处带走，又被送到了某个政府机关扣押。他们在一天内接受了不同的询问，但其中没有一个问题与启幕事件相关，这点令得两人不解。两人结束关押后被唤回分局，见到了伊西丝，得知自己是作为掩体被留在启幕的方便其他人同时进行行动，顿时有些无语。此时，紫色长发女子进入了办公室，她是约瑟伯格中央议会的直属特工——卡兰丽莎，由于此次事件关系到星解联对黎苏根的势力渗透，前来代表议会参加莱斯坦斯在黎苏根的行动。
约瑟伯格近年来遭遇异变体侵袭事件数量仅个位数，表面称作是莱斯坦斯与中央议会共同努力的成果，但是卡兰丽莎对此说法不置可否。几人根据之前的事件确定了下阶段的目标。接下来的任务就由卡兰丽莎与链尉官同行，以游客身份前往启幕集团的第二大私有财产——启幕乐园。如今正是苏生节的第一天，乐园客流量正在逐步进入高峰。考虑到不干涉到普通人行为的第一准则，乐园无法因为恐怖事件预测而被关闭，几人需要即刻启程。
02-苏生节
苏生节意义是纪念黎苏根城市的诞生，是黎苏根最为盛大的节日。节日的狂欢舞台就选在启幕乐园。一番查探下来，乐园里似乎没有不妥，艾丽西亚和卡兰丽莎就对普通人的看法发生了争执。后者认为被安宁生活驯化了的愚民只知享乐，对即将到来的危机毫无所觉，而前者认为民众追求美好生活无错。烟花在夜空骤然炸开，绚烂的光芒吸引两位战员抬头望去，一时间两人都没有再说话——AIMBS战员，竟然从未见过在眼前盛放的烟花。
当链尉官抬头时，发现烟花里有一朵是黑红相间颜色，显得有些诡异，与此同时莫比乌斯环发出了虚粒子异常的提示警报。乐园的欢声笑语转为惊叫哭喊，园内的机器人开始暴走，游客四处逃窜。执行任务的三人为了掩护游客离开，迅速开启战斗。通过战斗，链尉官也对这位新加入队伍特工的强大战斗力有了更深刻的认识。
失控机器人是受到虚粒子操控，将虚粒子植入它体内所用的装置，与启幕大楼的地下装置仿佛同源——这次事件的发起者，又是星解联。卡兰丽莎共享了自己所知的一些情报，与艾丽西亚在AIMBS是否应该使用于对人这个话题上再次有了分歧。又有黑红色的烟花炸开，两人的争论暂停，几人决定前去调查特殊烟花升空的指令含义。
03-诱敌
启幕乐园通向外部的唯一通道大桥被星解联炸毁，卡兰丽莎放倒了拦路的星解联成员，导致一行人身份被识破，星解联成员毫不犹豫决定下杀手。链尉官主动迎战，除留对手性命外没有任何要求，毕竟本方虽不负责虚粒子异常和锚点空间以外的相关事件，但有权利保护自己的安全。
在对战后，作为敌方的星解联成员无意中透漏出“大姐头”的存在。与此同时，和启幕大楼事件相似的虚粒子异常波动也被链尉官一行人感知到，虚粒子炸弹彻底爆发在烟花发射区，面前的星解联成员全部被消除。线索就此再次断掉。
04-貌合神离
不同于卡兰丽莎的习以为常，艾丽西亚对此事的反应较为激烈，在她心里，人类是一个集合体，应该共同面对来自外界的危险，而不是自相残杀。然而就目前的星球局势来看，多方分裂，人类最在乎的还是自己的权益，大局观似乎只能少部分人身上体现。
被困住的游客作为人质，成了星解联与黎苏根谈判的筹码。卡兰丽莎承认这个信息最开始就由中央议会传达到自己处，自己没有选择共享出来。而链尉官尝试同分局以及茱莉亚联系，却未能得到任何回应。地面再次震动，轰响传来，似乎是来自地面以下的爆炸，试图将乐园中的人全部困死在这里......
05-包围
第三次爆炸开始了，星解联利用爆炸将人群往特定方向驱赶。至此，仍然未知星联需要如此大量的星彩源晶是为了什么，而黎苏根不可能为了和平就送出自己的星彩源晶——黎苏根并非只有表面的光鲜，所谓的梦之城，不过是建立在底层之人尸骨上的血肉之城。卡兰丽莎谈起黎苏根时的态度相当淡漠，甚至带了些憎恶在其中。着眼此刻，她打算发射烟火弹来打乱星解联的节奏。
此时星解联的首领——明正站在乐园最高处，等待己方势力完成那伟大的事业，却看到六队方位的烟花突兀炸起，她让人发出联络请求，却无音讯传回，于是派人前去一探究竟。链尉官一行人放了烟花后就在原处埋伏着，一场大战再次开始。
在减员数十人后，星解联以包围形式将几人逼进云霄飞车区。一阵强烈的危机感袭来，多年的军校锻炼令链尉官第一时间闪避掉破空而来的攻击，艾丽西亚跃至链尉官前，斩毁了袭来的榴弹。而此时卡兰丽莎也从暗击轨道分析出，2点钟方向正是星界联首领所在方位。
06-初见
处于暗处的明即将发出的攻击被发现她位置的卡兰丽莎进攻打断，此时链尉官一行人正打算借助云霄飞车离开包围。乐园的飞车从隐藏通道出发，登车点却在半空。此时的登车点，明已经执着火炮等在此处。只是似乎明与卡兰丽莎是“旧识”，约瑟伯格和星解联的仇怨也体现在这两者的对峙中。又一声爆炸打断了这场对峙，地面突然涌现的异变体，正在攻击星解联的成员。卡兰丽莎留在飞车登车点与明对战，而链尉官与艾丽西亚则去往地面做起莱斯坦斯的本职——解决异变体。
07-汇合
此时的地面上，同样来自莱斯坦斯的可拉兹小队战员莉丽拉正不得不将一个名叫尼克的小孩护在后面，与袭来的敌人进行对抗。链尉官与艾丽西亚及时赶到，帮忙击退了星解联成员，并从莉丽拉处得到可拉兹小队即将过来汇合的消息。同时，被莉丽拉保护着的尼克送来了关于异变体来处的信息——乐园里一处正冒着浓烟的设施里，有着肉眼可见的虚粒子向外源源不断冒出。
08-混乱
剧场内部看起来比从外部看上去还要糟糕，虚粒子凝成的“黑线”遍布这片空间，链尉官给自己注射了中和酊后，认真观察起局势。场内的异变体在攻击一切活物，包括星解联成员。眼看着一名星解联成员变成怪物转头攻击同伴，艾丽西亚忍不住出手了，在她的观念里，刀刃对着同类的行为无法原谅，但是自己没法做到外敌入侵时，对同类置之不理——审判犯罪者的人，不该是异变体。
在被链尉官一行人救下后，星解联成员并不领情，他喃喃着“被你们骗过一次，不会再有第二次”冲向剧场中央，引爆了放在那里的所有虚粒子炸弹。爆炸产生的黑红色气体直冲破剧场的天顶，也在剧场中央地面炸出了一个巨大的洞口，虚粒子烟雾正从中源源不断喷发。这似乎又是一个地下空间。跳楼成瘾的艾丽西亚再次选择带着局长跃下洞口。
地下空间内是一条蜿蜒至黑暗中的狭长通道，虚粒子如树根般在墙壁上攀附着，仿佛自墙中生出。前行几分钟后，满是死状凄惨人类尸体的人造空间呈现在眼前，这是一座实验室，里面唯一完好的门上写着所属人：蕾娜·赫斯特研究主任。两人进入门内搜寻线索，却看到桌上的相框中是一个女人抱着一个小男孩的相片。其中的小男孩，赫然就是之前在地面上给出虚粒子来源指向的尼克。还未来得及翻看桌上的笔记本，已经成为异变体的实验员循着人的味道涌入了房间。
解决了异变体后，两人迫于时间，在其他房间里迅速搜寻着信息：这个实验室是启幕集团的秘密实验基地之一，实验与“因斐诺遗迹”有关，但遗迹是什么如今不得而知。从启幕大楼开始，两人就好像被卷入了漩涡中，之前的调查任务已经走偏，却一直无法回正航道，只能顺着现在的路一直走下去，直至尽头。正如两人现在所在的地下通道，也已经到了尽处。正思考着如何去向伊西丝局长询问一些机密，一个桃红色长发的女子现身了，她自称芙兰朵，正柔声欢迎“莱斯坦斯的朋友”到来。通过芙兰朵在如此条件下存活辨出此人并非人类，得到链尉官指令的艾丽西亚果断发起进攻，攻击却尽数被一个异变体挡下，异变体虽然外貌尽数改变，却依稀能看出是办公室相片里的女子——蕾娜。
10- 永不离开
在芙兰朵的自述中得知，她作为蕾娜的上司，赏识蕾娜优秀的科研能力，让蕾娜先行体验实验成果。在她看来，成为人类科学道路里程碑式的人物，是蕾娜的荣幸。芙兰朵是“调整者”，以抛弃人类身份为荣，她们认为AIMBS都是“半人半鬼”的怪物，与调整者非同源。乐园的异变体都是她制作放出，而所用到的“素材”，正是黎苏根的万千市民。
异变体蕾娜似乎没了神志，一直保护在这“仇人”身前。她被芙兰朵拿着一个信件逗弄着，眼神随着信件打转，下一秒，信件被芙兰朵恶劣地故意撕碎。蕾娜因此发狂的时候却又在芙兰朵的指令下瞬间沉寂，之后依旧听从她的指令，向链尉官两人发起了进攻。
随着怪物的悲鸣，战斗进入了尾声，蕾娜身上属于怪物的部分正在崩坏。卡兰丽莎赶到，认出了蕾娜，放出了录制好的尼克的录像。小小的孩童一脸天真与期待，说自己过了一个愉快的节日，盼望下次节日能有妈妈一起度过。
怪物流着泪，断断续续说着对孩子的思念，她的身体有一瞬间恢复了本来的样子，之后便如她诉说“我回来了”的声音一般，逐渐破碎、消散。
节日庆典被迫终止，黎苏根政府封锁消息的速度赶不上游客传播的速度——这次事件涉及范围太广了。市民的恐慌情绪一再发酵，这座“梦之城”的本质遭到了人们的怀疑。
分局内，飞鱼小队的元雅和戈米娅在说着莉丽拉的去向，而卡兰丽莎也离开了链尉官的队伍，去调查其他事件。艾丽西亚拿出蕾娜当时很在意的那封被芙兰朵撕碎的信件，飞鱼小队承诺帮她复原。这次的事件就此告一段落，几人暂时分别。此后她们要走的路更长，如今放眼也看不到尽头。
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